Das um 1115/1118 von Bruno von Hohenberg, Straßburger Domherr, späterer Straßburger Bischof und Kanzler Kaiser Heinrichs V., unter den Namen Cella Sanctae Mariae oder Monasterium sanctae Mariae gegründete regulierte Augustiner-Chorherrenstift St. Märgen war eine politische Gründung der Grafen von Hohenberg gegen die Herzöge von Zähringen. Jene waren Vögte der St. Gallener Güter im Dreisamtag und hatten zu deren Schutz die Burg Wiesneck erbaut, diese hatten 1093 ihr Hauskloster Weilheim unter Teck zur Sicherung der Straßenverbindung durch das Glottertal nach Villingen nach St. Peter verlegt, um den hohenbergischen Besitz um die Burg Wiesneck zu umgehen. Der Streit zwischen beiden Klöstern führte 1121 zur Zerstörung der hohenbergischen Burg Wiesneck durch die Zähringer, wodurch die hohenbergische Macht im Dreisamtal eine schwere Einbuße erlitt.

Bruno von Hohenberg besiedelte das Kloster mit Augustinern, vermutlich aus St. Leo in Toul, die jedoch dald durch deutsche Augustiner ersetzt wurden. Die Lothringer Chorherren sollen der Überlieferung nach ein Gnadenbild mitgebracht haben, um das sich bald eine Wallfahrt entwickelte und das bis heute in der Wallfahrts- und Klosterkirche verehrt wird. Es stellt heute das älteste bekannte Gnadenbild in der Erzdiözese Freiburg dar.

Zum Besitz des Klosters zählte in erster Linie Rodungsland in der näheren Umgebung. Im Lauf der Zeit konnte das Kloster neben der Pfarreiin St. Märgen selbst die Pfarrkirchen in Wyhl, Scherzingen und Haslach erwerben. Anstelle der in der Reformation verlorenen Pfarrei Haslach erhielt es 1615 die Pfarrei Zähringen geschenkt.

Die Vogtei über das Kloster St. Märgen kam von den Herren von Haigerloch-Wiesneck an die verwandten Grafen von Hohenberg und wurde von diesen 1293 an den Freiburger Ritter Burkard Thurner verkauft. Mehrere Verkäufe an Freiburger Patrizierfamilien, unter anderem an die Snewelin, und daraus resultierende Streitigkeiten mit den jeweiligen Vögten schwächten das Kloster, das schließlich 1462 seinen gesamten Besitz auf dem Schwarzwald, im Wagensteigtal und im Zartener Becken außer der St. Märgener Kirche und dem Zehnt für 4800 fl. der Stadt Freiburg verkaufte. 1463 übernahm Freiburg auch die Vogtei. Der Konvent zog in seine Propstei Allerheiligen in Freiburg um (die 1370 mit dem Kloster St. Märgen vereinigt worden war) und verwaltete mühsam seinen Besitz in der Rheinebene.

3 Äbte starben in dieser Zeit eines gewaltsamen Todes: , den Ein Ritter von Schnewlin ließ 1355 bei Ebnet Abt Konrad erschlagen, die Blumberger Vögte erschlugen 1401 Abt Johannes II. Schlegerle, Abt Berthold fiel 1385 durch die Hand seiner eigenen Konventualen.

Rückkäufe des Besitzes am Ende des 15. Jahrhunderts ließen den Konvent die Kirche in St. Märgen, die 1430 abgebrannt war, wieder aufbauen. Nach einem Brand des Klosters Allerheiligen in Freiburg selbst wurde die wirtschaftliche Lage immer schlechter. 1546 wurde die Abtswürde für erloschen erklärt, fortan führte der Konventsvorsteher nur noch den Titel eines Administrators, ab 1583 eines Propstes von Allerheiligen.

Zerstörungen im 30jährigen Krieg und im Spanischen Erbfolgekrieg brachten das Kloster an den Rand seiner Existenz. Erst nach der Zerstörung des Allerheiligenklosters in Freiburg 1678 kehrten die Chorherren nach St. Märgen zurück. Am Ende des letzteren jedoch konnte Andreas Dilger, Propst von Allerheiligen und St. Märgen, sowohl in Freiburg ein Augustinerkloster als auch in St. Märgen Kirche und Kloster neu errichten.

Baubeginn in St. Märgen war Ende 1715 oder Anfang 1716, die Klosterkirche wurde 1725 geweiht, nachdem bereits 1723 das Gnadenbild in die Kirche zurückgekehrt war, die Konventsgebäude waren 1729 vollendet. Baumeister war Johann Mathis aus Mittelberg in Vorarlberg (1681–1750), auf ihn geht auch die Kirche St. Michael in Löffingen zurück. 1725 hatte sich das Kloster der Lateranensischen Augustinerkongregation in Rom angeschlossen. 1738 erhielten die Nachfolger Dilgers für St. Märgen erneut die Abtswürde, 1771 die Aufnahme in den Breisgauer Prälatenstand.

Die antiklösterliche Politik der österreichischen Regierung bereitete die Säkularisation vor, mit der das Kloster 1806 Eigentum des badischen Staats wurde. Die verbliebenen Patres betreuten die Pfarreien des ehemaligen Klosters weiter, die Klosterkirche wurde Pfarrkirche des Orts, die Konventsgebäude wurden Pfarramt und Pfarrbibliothek, in einen Flügel zog 1858 die Gemeindeverwaltung ein. Die Marienwallfahrt wurde aus wirtschaftlichen Rücksichten beibehalten, da sie die Haupteinnahmequelle der drei örtlichen Gastwirte bildete.

Nach einem Blitzschlag 1907 brannte die Kirche ab, wurde jedoch im selben Stil wieder aufgebaut. Von der originalen Ausstattung konnten nur die Figuren des Holzschnitzers Matthias Faller - vier große Figuren des Hochaltars (1744/45), eine Kreuzigungsgruppe (1736) und drei Figuren des Seitenaltars (1742/43) gerettet werden, ebenso ein Altarbild mit dem Hl. Augustinus von Joseph Fiertmayer, 1736 - gerettet werden.

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